24/01/2007

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Newsletter Spéciale Décrypthon  : Janvier 2007

 

Lancement des calculs Décrypthon sur grille PC !

Un des projets retenus dans le cadre du Programme Décrypthon vient d’être lancé sur la grille de calcul World Community Grid, coordonnée par IBM. Après avoir été testé sur la grille des gros calculateurs du Programme Décrypthon, le projet d'assemblage moléculaire coordonné par Alessandra Carbone (Université Pierre et Marie Curie / Unité Inserm 511) va ainsi bénéficier du second niveau de la grille Décrypthon, à savoir de la puissance de calcul de près de 500 000 ordinateurs personnels dans le monde.

Webtour du Grid

Consulter les sites web des partenaires fondateurs

Pour plus d'informations sur le lancement des calculs sur la grille PC.


> Consulter  le communiqué de presse : Mieux connaître les interactions entre protéines grâce aux internautes et au World Community Grid

L'appel d'offres 2007 du Programme Décrypthon


L'appel d'offres 2007 du Programme Décrypthon vient d'être édité.

> Plus d'informations sur cet appel d'offres
> Télécharger l'appel d'offres
> Télécharger le formulaire de subvention

En savoir plus sur le calcul partagé

Quelques sites (en anglais) sur les principes et l'intérêt du grid computing.
Echangez vos idées sur les forums de discussions...
 

Téléthon 2006 :
101 472 581 euros . MERCI!


Logo Téléthon 2006
Après trente heures d’émission sur France 2 et France 3, la 20ème édition du Téléthon se clôt sur un compteur final de 101 472 581 euros. Que ce soit au 36 37, sur telethon.fr ou dans 22 000 animations partout en France, les Français ont affirmé, avec force, leur confiance en l’AFM et en sa stratégie pour transformer la recherche en traitements.

> Lire le communiqué de presse
 
 
 
 
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Historique du projet Carbone

Sélection du projet par appel d'offres

Mi-décembre 2004, un appel d’offres ouvert à toutes les équipes scientifiques et médicales a été lancé, selon les procédures habituelles de l’AFM.
Mi-janvier 2005, dix-sept lettres d’intention ont été reçues, et un projet de recherche détaillé a été soumis par dix équipes en date du 1er avril. Une expertise indépendante de chaque projet par deux biologistes et deux bio-informaticiens ou spécialistes du « grid computing » a permis de retenir trois nouveaux projets approuvés successivement  par le comité directeur du Décrypthon, le conseil scientifique de l’AFM, et au final le conseil d’administration de l’AFM, pour accord de financement.
Parmi ces trois projets, celui de l’équipe d’Alessandra Carbone de l’université Pierre et Marie Curie de Paris a été retenu.

Alessandra Carbone et son équipe

Logo Université Pierre et Marie Curie – Paris VI.

Mathématicienne de formation, Alessandra Carbone est professeur d'informatique et chercheuse à l'Université Pierre et Marie Curie – Paris VI. Ses recherches allient mathématiques, algorithmique et biologie moléculaire. Par cette voie, elle est en train de mettre au point des outils afin d’identifier les sites d’interaction des protéines entre elles, avec l’ADN et les ligands.

Le projet de docking moléculaire

« L’investigation à large échelle des interactions protéine-protéine, protéine-ADN, protéine-ligand à la recherche de nouvelles cibles thérapeutiques »
Ce projet s'attache à mettre au point des outils informatiques pour repérer à la surface des protéines des sites d'interactions avec d’autres protéines, de l'ADN ou des ligands.
Il s'agit de développer des outils bioinformatiques pour repérer ces sites en couplant la méthode « Joint Evolutionary Trees » (inspirée par la méthode « Evolutionary trace ») avec la méthode d'« amarrage moléculaire » (molecular docking). 

Lancement sur World Community Grid

Lors de la dernière Newsletter (Novembre 2006), l’équipe du Programme Décrypthon a pu annoncer que le projet d’A. Carbone et coll. utiliserait bientôt la grille de PC :
World Community Grid est une initiative lancée en 2004 par plusieurs acteurs universitaires et industriels, dont IBM. La fondation internationale IBM a fourni gracieusement le matériel, logiciel, le service technique et l'expertise nécessaires à la mise en  œuvre de l'infrastructure informatique. Elle fournit également l'hébergement, la maintenance et le support. Le principe est simple : en moyenne, un ordinateur personnel n'utilise que 5 à 10% de sa puissance de calcul. L'idée est donc de fédérer les 90% de puissance inexploitée, et de la mettre au service de la recherche scientifique humanitaire menée par des organismes publics à but non lucratif.
C’est donc un outil supplémentaire pour le programme Décrypthon et auquel tout un chacun peut contribuer en inscrivant son PC à World Community Grid en suivant la procédure ci-dessous.

Inscrire son PC aux calculs

Le projet d'assemblage moléculaire de l’équipe d’A.Carbone est officiellement lancé sur World Community Grid. Il y est appelé "Help Cure Muscular Dystrophy".

Dans un premier temps, c'est une phase de test qui vient d'être lancée, calculant les interactions de 336 protéines sous Windows. Pour la deuxième phase du projet, de plus grande ampleur, les calculs seront aussi réalisés par les systèmes d'exploitations Linux et Mac.
Les informations obtenues aideront les chercheurs à concevoir les molécules susceptibles d'inhiber ou de favoriser la liaison de molécules particulières et ainsi trouver des traitements contre les myopathies et d'autres pathologies neuromusculaires.
Vous pouvez contribuer au succès de ce projet en mettant la puissance de calcul de votre ordinateur à la disposition des chercheurs. Il suffit de vous inscrire à World Community Grid et ainsi, votre PC aide la recherche lorsque vous ne l’utilisez pas.
Cette newsletter est la lettre d’information de l’actualité du projet Décrypthon.
Elle est publiée en fonction de l'actualité du programme.

Rédacteur en chef : Samia Ghozlane
Rédaction : Chloé Duhay
Comité éditorial : Karine Brua, Serge Fdida, Jean-François Prud'homme, Pierre-Jean Ponenti, Stéphane Roques, Thierry Toursel, Dany Vandromme.
A participé à ce numéro  Françoise Dupuy-Maury.
Contact. © 2007 – AFM

17:42 Écrit par Nanesse dans Général | Lien permanent | Commentaires (1) |  Facebook |

Commentaires

Euh moi y en a pas être très réveillée ce matin et donc, moi pas très bien comprendre... :)

Mais je me documenterai, question de pas mourir idiote !

Écrit par : Pivoine | 25/01/2007

Les commentaires sont fermés.